Al Dipartimento Territoriale afferiscono tutte le strutture operative dell'Azienda che svolgono attività di programmazione, gestione, verifica e valutazione degli interventi e delle azioni rivolte all'area territoriale; esso costituisce la macro articolazione di indirizzo, controllo e governo del sistema integrato dei servizi pubblici e del privato sociale ed è organizzato in centri di costo e di responsabilità. Il Dipartimento individua il modello di management adeguato alla logica di rete e capace di garantire efficacia ed efficienza delle singole prestazioni articolate sia per obiettivi che per tipologie di servizi, garantendo logiche di sistema integrato curando particolarmente il sistema informativo e la valutazione.
Il Dipartimento è costituito dalle Direzioni dei 13 Distretti Sanitari con le U.O.S. a loro afferenti, 3  U.O.C. e 3 U.O.S.D.